Installation et exploitation d’un cluster de calcul

École informatique du 18 au 22 janvier 2016, Sainte-Foy-lès-Lyon

AGENDA

Module 1	18/1	ETAT DES LIEUX POUR LE CALCUL SCIENTIFIQUE
14:00 - 14:15		Introduction générale
14:15 - 16:00		Etat des lieux général
		Moyens de calcul, mésocentres, centres nationaux et européens	Hervé Richard et Romaric David
16:00 - 16:30		Pause
16:30 - 18:30		Calculer sur son poste de travail
		Etat des lieux et évolution des postes de travail - TD "Performance"	Romaric David
Module 2	19/1	CLUSTER : ARCHITECTURE, STRATEGIES D'ORGANISATION
08:30 - 10:00		Architecture d'un cluster
		Stratégies ; choix des systèmes ; ordonnanceurs	Christophe Pera
10:00 - 10:30		Pause
10:30 - 12:00		Installation d'un cluster
		Etat de l'art et démarche pratique	Christophe Pera
12:00 - 13:00		Stockage centralisé
		Présentation, état de l'art de la technique	Martin Souchal
13:00 - 14:30		Déjeuner
14:30 - 17:30		Atelier : Installation d'un cluster
		TP Installation d'un cluster avec Rocks	Rémy Dernat - Martin Souchal/Alex Dehne en appui pour les TP
17:30 - 18:00		Pause
18:00 - 19:00		Stockage distribué
		Présentation, état de l'art de la technique	Michel Ringenbach
20:00		Diner
Module 3	20/1	CLUSTER : ARCHITECTURE, STRATEGIE D'ORGANISATION (fin)
08:30 - 10:00		Gestionnaire de batch
		Etat de l'art des gestionnaires de batch ; les configurations	Michel Ringenbach
10:00 - 10:30		Pause
10:30 -12:30		Atelier : Batch
		Script de lancement du programme, debuggage et analyse des messages	Michel Ringenbach (appui CO pour les TP)
12:30 - 14:00		Déjeuner
Module 4	MODELES DE PROGRAMMATION
14:00 - 16:00		Modèles et performances
		Etat des lieux des modèles de programmation ; impact du type de réseau sur les performances	Guy Mœbs
16:00 - 16:30		Pause
Echanges	RETOURS D'EXPERIENCE
16:30 - 18:00		Présentation de clusters en service
		Présentation de cluster existant de la part de certains participants (contexte, objectif, choix architecture, petit bilan)	Alexandre Dehne-Garcia, Eric Monvert
19:30		Diner
Début 21:00		Soirée Flash : présentation par un participant d'une question spécifique qui le préocupe dans la gestion de son cluster (ex: gestion des files) à débattre avec le groupe, puis synthèse
		Répartition selon les differentes questions	Hervé Richard et Alexandre Dehne-Garcia
Module 4	21/1	MODELES DE PROGRAMMATION (suite)
08:30 - 10:30		Frameworks et bibliothèques
		Outils de développement de code pour le calcul scientifique ; les librairies spécialisées	Bernard Dussoubs
10:30 - 11:00		Pause
Module 5	MONITORING DES CLUSTERS
11:00 - 12:00		Monitoring : aspects théoriques
		Journaux et des outils de surveillance du système, exemples,	Jonathan Schaeffer
12:00 - 13:30		Déjeuner
13:30 - 15:30		Atelier : Monitoring : aspects pratiques
		mise en pratique	Jonathan Schaeffer (appui CO pour les TP) README
15:30 - 16:00		Pause
Module 6	ACHAT ET HEBERGEMENT
16:00 - 17:30
		Achat, maintenance, fin de vie du matériel: les bonnes pratiques	Romaric David
18:00		Départ bus pour Bellecour
20:00		Diner dans Lyon
Module 7	22/1	CLOUD COMPUTING
08:30 - 10:20		Cloud computing ; HPC ; grilles de calcul	Alain Franc
		Echanges autour des besoins et de l' évolution du calcul intensif	Alain Franc et le CO
10:20 - 10:50		Pause
Echanges	SYNTHESE, BILAN ET CLOTURE DE L'ECOLE
10:50 - 12:00		Debriefing à chaud et Synthèse	Comité d'Organisation

Intervenants

Romaric	DAVID	Pôle HPC, DI	Université de Strasbourg
Alexandre	DEHNE-GARCIA		CBGP	INRA
Rémy	DERNAT	Bioinformatique LabEx	Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier
Bernard	DUSSOUBS		Université de Lorraine	Nancy
Alain	FRANC	Biodiversité, Gènes et Communautés	Bordeaux Aquitaine	INRA
Guy	MŒBS	Laboratoire de Mathématiques	Université de Nantes	CNRS
Eric	MONVERT	MaIAGE	Jouy-en-Josas	INRA
Christophe	PERA	P2CHPD	Uniiversité Lyon I
Hervé	RICHARD	BioSP	PACA/Avignon	INRA
Michel	RINGENBACH	Pôle HPC, DI	Université de Strasbourg
Jonathan	SCHAEFFER	FEIRI, Institut universitaire Européen de la Mer	Brest	CNRS
Martin	SOUCHAL	CTIG	Jou-en-Josas	INRA

Comité d'organisation et de programme

Christophe	CARON	Service Informatique et Bio-informatique	Roscoff	CNRS
Romaric	DAVID	meso-centre, DI UdS	Université de Strasbourg
Alexandre	DEHNE-GARCIA	Centre de Biologie pour la gestion des populations	Montpellier,	INRA - SPE
Bernard	DUSSOUBS	Institut Jean Lamour, Université de Lorraine		CNRS
Loïc	HOUDE	Biostatistique et Processus SPatiaux	PACA	INRA - MIA
Éric	MONVERT	Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l’Environnement	Jouy-en-Josas	INRA - MIA
Hervé	RICHARD	Biostatistique et Processus SPatiaux	PACA	INRA - MIA
Martin	SOUCHAL	Centre de Traitement de l’Information Génétique	Jouy-en-Josas	INRA - GA
Dany	HOCH	Formation Permanente Nationale	Nantes	INRA
Frédérique	MALIPIER	Formation Permanente Nationale	Nantes	INRA
		avec le concours de la DR15 du CNRS